La programmation en biologie

Niveau I

Présentation de la formation

L'automatisation des procédures d'analyse et de recherche et développement devient indispensable avec l'évolution des méthodes en biologie.

À travers cette formation, initiez-vous à la programmation informatique appliquée à la biologie grâce à des exercices concrets.

Public concerné

• Responsables de laboratoire ;
• techniciens de laboratoire ;
• biologistes souhaitant automatiser leurs analyses.

Objectifs

• Acquérir les bases de la programmation ;
• écrire des scripts pour automatiser des procédures d'analyse ;
• manipuler et analyser des données biologiques ;
• concevoir des méthodes simples de collecte et de traitement des données.

Prérequis

• Connaissances de base en biologie ;
• connaissances de base en bioinformatique.

Moyens pédagogiques

• Supports papier et numérique ;
• exercices pratiques de programmation.

Durée

• Trois journées, soit 21 heures.

Programme

• Découverte de Linux ;
• initiation au langage Python ;
• installation et gestion de paquets ;
• bases de la programmation ;
• conception d'une méthode d'analyse syntaxique (parsing) ;
• conception d'une méthode de collecte automatisée (crawling) ;
• conception d'une méthode d'analyse des données ;
• discussion et mise en pratique.