Conception d'un système de détection.
Avec les récentes avancées en biologie, les méthodes de détection traditionnelles (cultures cellulaires,
tests biochimiques, sérotypage) sont progressivement en train d'être remplacées par les technologies basées
sur l'ADN (PCR, qPCR, MLVA, MLST, NGS, etc.). Ces méthodes de biologie moléculaire ont les avantages d'être
plus rapides (résultats en moins d'une journée dans certains cas), plus robustes (on évite par exemple le biais de fitness vis
à vis du milieu de culture) et apportent un niveau d'informations plus important.
La majorité de ces techniques reposent sur l'amplification du matériel génétique par PCR. Néanmoins cette
étape est tributaire de la qualité des amorces ou primers, éléments chimiques responsables du ciblage de l'ADN.
Au cours de nos recherches pour la Délégation Générale de l'Armement, nous avons montré que deux
tiers des amorces PCR publiées dans la littérature scientifique et servant à détecter les gènes de pathogénicité
de Vibrio cholerae n'ont pas une efficacité optimale.
A la suite de ces constats, nous avons développé BiomandaDetect, une méthode bioinformatique unique permettant
de vérifier, améliorer ou concevoir des amorces de PCR. Ses atouts :
- une évaluation exhaustive de la spécificité en utilisant l'ensemble des séquences disponibles sur
DDBJ-EMBL-Genbank et un algorithme plus précis et plus informatif que BLAST ;
- une estimation pointue de la sensibilité grâce à un système de sélection des séquences appartenant à un marqueur génétique ;
- la sélection du meilleur marqueur génétique selon plusieurs critères (problématique biologie, niveau
de connaissance, vitesse évolutive, etc.)
- un rapport d'analyse permettant de mieux focaliser les étapes de validation sur
paillasse avec une liste d'organismes potentiellement faux-positifs dans certaines conditions d'amplification ;
- l'assurance d'un travail réalisé sur la dernière mise à jour du consortium DDBJ-EMBL-Genbank ;
- une réponse rapide en quelques jours.
En fonction de vos besoins, ce service peut être couplé avec une étape de data-mining (fouille de données) pour rassembler un maximum
d'éléments nécessaires à un développement optimal de votre solution de détection (phylogénie, origine et date de prélèvement, nom de la souche,
serovar ou serotype, hôte, etc.). Nous pouvons intervenir sur n'importe quel type d'organisme vivant (virus, bactéries, moisissures/champignons,
parasites, autres protistes, métazoaires, plantes et archaea) et à n'importe quel niveau taxonomique (genre, espèce, génotype, etc.).
Acronymes – Explications supplémentaires :
- PCR : Polymerase Chain Reaction.
- qPCR : PCR quantitative ou PCR en temps réel.
- MLVA : MultiLoci VNTRs Analysis (Analyses de régions génétiques répétées).
- VNTR : Variable Number of Tandem Repeat (Régions génétiques répétées en tandem).
- NGS : Next Generation Sequencing (Séquençage nouvelle génération ou séquençage massif/haut-débit ou pyroséquençage).
- Fitness : capacité d'un être vivant à engendrer des descendants fertiles.
